La organización y gobierno de la UNSAdA están definidos en el Estatuto Universitario y reglamentaciones internas.

Gobierno Universitario
La estructura de gobierno de la UNSAdA se constituye por una democracia representativa de todos los claustros, integrada por órganos colegiados y unipersonales. De esta manera se garantiza el debate de ideas, el control de la gestión, las iniciativas de todos los miembros de la comunidad universitaria.

Órganos colegiados
La Asamblea Universitaria es el máximo órgano de gobierno de la Universidad. Tiene competencia en temas específicos que hacen al devenir institucional, tales como la modificación del Estatuto, la definición de los principios y bases que guiarán su accionar y la elección del rector como la máxima autoridad ejecutiva. La Asamblea está integrada por representantes docentes, no docentes y estudiantes.
El Consejo Superior atiende de manera directa los asuntos universitarios. Órgano normativo y de planificación, integrado por representantes docentes, no docentes y estudiantes.

Órganos ejecutivos
Los órganos ejecutivos del gobierno universitario son unipersonales. Este es ejercido por el/la rector/a con la asistencia de distintas secretarías.
El/la rector/a tiene la responsabilidad de la administración y gestión de la Universidad. Asimismo, es quien debe expresar en acciones los lineamientos políticos y los objetivos institucionales que establezcan los órganos colegiados.
El/la vicerrector/a sustituye al/a la rector/a en sus funciones en su ausencia; es designado/a por el Consejo Superior a propuesta del/de la rector/a.

Unidades Académicas: Escuelas
El diseño institucional y académico de la UNSAdA se estructuró en torno a dos áreas estratégicas de intervención, que dieron origen a la organización de la Escuela de Desarrollo Productivo y Tecnológico y la Escuela de Desarrollo Social y Humano. Estas unidades académicas surgieron con el propósito de articular la oferta educativa con las demandas del territorio, con el objetivo de formar recursos humanos altamente capacitados y generar conocimiento relevante para el desarrollo regional.

La Escuela de Desarrollo Productivo y Tecnológico se estableció sobre la premisa de que el crecimiento y fortalecimiento regional dependen de la integración de los procesos económicos y productivos con el desarrollo de la ciencia y la tecnología, lo que permite impulsar la innovación como motor del progreso. En este sentido, la formación académica y la capacitación de profesionales deben responder a las exigencias de la sociedad y la economía del conocimiento, con el fin de contribuir al fortalecimiento sostenible de la competitividad territorial.

La Escuela de Desarrollo Social y Humano se creó con la finalidad de recuperar la centralidad de la dimensión humana en la educación superior y atender las necesidades específicas de la región. Su enfoque académico abarca áreas fundamentales para el desarrollo social, tales como la administración y gestión, la salud, las políticas públicas, la educación, la cultura y el trabajo. A través de la generación y transmisión del conocimiento en estos ámbitos, la Escuela busca fortalecer el entramado social y potenciar las capacidades del territorio.